东京大学，京都大学和名古屋大学，一般就这3所。
日本大学排名
第一位 东京大学（理工科强） = 哈佛大学（文理强）麻省理工
物理和化学世界排名第一，工学基本排在3到1的位置，是日本尖端技术的代表。
第二位 京都大学 （亚洲第二，超一流大学，无不强专业）
第三位 东北大学（第三 医学，工学，理学闻名）鲁迅
第四位 大阪大学（一流大学）
第五位 庆应大学（名牌私立，生物，政治，商科水平极高）= 英国牛津 小泉
第六位 早稻田大学（最有名的私立大学，很多首相毕业于本校）
第七位 东京医科齿科大学（医学第一）
第八位 一桥大学（文科第一，商学闻名）
第九位 东京工业大学（理工科）=麻省理工
第十位 筑波大学（高新科技）
最权威的日本的大学排名！
公认最权威的有三个排名：日本国内机构公布的《朝日新闻》的排名；《钻石周刊》的排名；还有国际权威机构公布的《Gourman Report》的排名。
首先说明一下日本没有国家政府机构公布的大学排名，民间机构甚至个人的排名有很多但比较杂，很多连其评价标准都说不清楚，但以《朝日新闻》和经济类著名刊物《钻石》公布的大学排名公认较权威。二者的区别在于：应该说《钻石》的排名依据的是上市企业人事部长的评分，主观性较大，而《朝日新闻》公布的每年的排名，涉及300多个项目，相对客观得多。因此如果要看日本国内的机构排名，最好就是《朝日新闻》的「大学ランキング」，如果要简单明了就看《钻石》。
此外，还有世界级的权威机构的排名。也就是美国的权威机构公布的世界各国大学排名《Gourman Report》，其评定标准据介绍包括学校的学术论文数量和质量，教学质量，图书馆质量，管理体制，学生后援体制等18个项目，它从上世纪60年代开刊以来已被公认为是最具科学性，客观性的权威大学质量排名，其中也有日本的大学排名，现引用手头看到的2005年版仅供参考，一般来说各版变化不会很大。
日本排名前30名的大学《Gourman Report》：
1 东京大学（国立）
2 京都大学（国立）
3 大阪大学（国立）
4 东京工业大学（国立）
5 东北大学（国立）
6 名古屋大学（国立）
7 九州大学（国立）
8 一桥大学（国立）
9 神户大学（国立）
10 北海道大学（国立）
11 横滨国立大学
12 广岛大学（国立）
13 筑波大学（国立）
14 名古屋工业大学（国立）
15 庆应大学（私立）
16 早稻田大学（私立）
17 九州工业大学（国立）
18 金泽大学（国立）
19 东京农工大学（国立）
20 御茶水大学（国立）
21 冈山大学（国立）
22 东京理科大学（私立）
23 中央大学（私立）
24 明治大学（私立）
25 同志社大学（私立）
26 立命馆大学（私立）
27 关西大学（私立）
28 东京外国语大学（国立）
29 大阪市立大学（公立，所谓“公立”就是地方政府立）
30 横滨市立大学（公立）
以上是全日本大学前30名的排名，其中可以看出，前10名都是国立大学，这些国立大学的确是日本最有实力的，而最好的私立大学庆应大学和早稻田大学排名也在15，16名，但同时还可以发现有其他几所优秀的私立大学也榜上有名，有意思的是日本的国立大学共有88所（比如，千叶大学，琦玉大学等等），但它们绝大多数都没有能够上榜，可见榜上的这几所私立大学实力已经超越了大多数的国立大学，因此可以说在日本并不意味着国立大学肯定比私立大学强，这和美国的情况类似，在美国甚至可以说最好的大学大多都是私立的，而这与中国人的印象相反。
另外，《Gourman Report》主要根据综合指标进行排名，其中理工科较强的大学教占便宜，因为理工科相对文科更容易在国际权威刊物上发表论文，这个可是一个硬指标，由于日本的国立大学相对更容易拿到国家的科研经费，因此理工科实力肯定比私立大学强，这也决定了日本的国立大学稳坐前10名的结果，而私立大学则倾向于投入不大的文科教育，比如，中央大学的法学实力在日本排名第1，甚至比东京大学还要强；还有据说周恩来总理留学日本时的大学就是明治大学哟！
最后补充一下，全日本的大学总数，截至2007年共有734所。
另外，再转载2008年版的日本《朝日新闻》公布的全日本大学综合实力排名：
一 日本大学综合排名
1、东京大学（国立）
2、京都大学（国立）
3、大阪大学（国立）
4、名古屋大学（国立）
5、东北大学（国立）
6、北海道大学（国立）
7、九州大学（国立）
8、东京工业大学（国立）
9、一桥大学（国立）
10、筑坡大学（国立）
11、东京外国语大学（国立）
12、早稻田大学（私立）
13、庆应大学（私立）
14、同志社大学（私立）
15、上智大学（私立）
16、法政大学（私立）
17、立教大学（私立）
18、中央大学（私立）
19、明治大学（私立）
20、青山学院大学（私立）
21、立命馆大学（私立）
22、关西学院大学（私立）
23、关西大学（私立）
24、学习院大学（私立）
从这个日本人自己公布的排名来看，前10名仍然是国立大学占据，看来这几所国立大学的质量无论日本人自己还是世界都是公认的，但接下来从12名开始日本人则公认是优秀私立大学的天下，从日本共有88所国立大学来看，优秀的私立大学已经远远超越了大多数国立，公立大学了（公立大学甚至在日本人自己的榜里没能入榜），尽管排名之间略有差别，但这个特点与国际权威机构公布的结果是符合的。
