1856年9月，天京城内正酝酿着一股强烈的血雨腥风。
北王韦昌辉带着三千多人拿着洪秀全密诏，从城南破门而入，他迅速指挥包抄东王杨秀清的住所，没来得及反应，杨秀清人头落地，其家眷全部被杀，一时之间，血流成河，开启了王杀王的序幕，也在根本上改变了清朝与之对决的形势。
从1853年定都南京后，洪秀全就深居不出，军政大权都交给了杨秀清，此后洪秀全只顾享乐，而东王则越来越专擅，野心也越来越大。
在此之前，杨秀清前面有萧朝贵和冯云山，但此后两人都死了，于是杨秀清地位越发凸显出来，在一次科举时，还出题“四海之内有东王” 可见，杨秀清确实不甘心在天王之下。
当东王发明了“天父下凡”后，他甚至可以以“天父”口气让洪秀全不但跪听训斥，还要打他四十大板，众人哭着求告“天父”后，杨秀清才罢手。
不久，杨秀清再度故伎重演，以“天父下凡”，宣布自己“继治天下，佐理万国之事。”他的官邸对联更是表明:“参拜天父，永为我父，护卫东王，早作人王。”的野心。自此以后，洪秀全只能把杨秀清当真“天王”对待，还发下诏书:“爷降凡间圣旨，朕尽读过记清清。故此认爷能不错，爷哥带朕宰太平。”
此后，杨秀清降“天王附体”这一法宝发挥到了极致，即使是洪秀全二哥洪仁达他也经常接天父之名说打就打，北王韦昌辉和翼王石达开，每当看到杨秀清表演“天父下凡”时，都吓得跪在地上不敢出声，以至于汗流满面，生怕借天父之名把自己杀掉。
但是洪秀全毕竟不是大白给，他不能看着自己创立的“天国”让给了杨秀清，虽然面对经常批评自己的“天父下凡”的杨秀清表示:“自今以后，凡事定与兄弟相商而行之。”
因此他找机会杀掉杨秀清的决心已定，由于洪秀全深知杨秀清对韦昌辉动辄打骂，所以他才要找韦昌辉除掉杨秀清，最后再把他当做替罪羊杀掉，堪称洪秀全的局中局。洪秀全利用韦昌辉杀掉杨秀清，很快就把韦昌辉抛出来，最直接的原因是石达开已经发兵问罪。
老奸巨猾的洪秀全接报，心中着实害怕石达开手下的精兵良将，他忙派人当众人谴责韦昌辉:“ 尔我非东王不至此，我本无杀他之意，而今已拿戮之(东王)，其下属何辜，又尽杀之，应念天父好生之心，以宽纵为宜。”洪秀全忽然变脸，下诏诛杀韦昌辉。从前被人当枪使，现在又要被杀，气急败坏的韦昌辉两眼冒火，率手下三千人扑向天王府。天王府的府墙比当时南京城墙还要厚坚，即使手中有火炮，韦昌一时也攻不下来。
此时韦昌辉又杀了石达开家人，导致石达开出走，而洪秀全再度把韦昌辉抛出来，成了这次内讧的最大赢家，但是从根本上来说，作为太平军的天王，他的实力从此彻底削弱，因此注定走向衰弱是不可避免的了。
“天京事变”之后，对太平军最大的影响，就是“太平天国”从精神上丧失了昔日的“神灵性”和“正统性”。所以，百姓们私下传说:“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。”
太平军士兵很迷惘，“上帝”怎么会容许这种事情发生?“天父杀天兄，总归场空。打包回家转，还是做长工。”再笃信“拜上帝教”的人，也会产生疑问:代“天父”传言的东王，怎会被“天父”另一个儿子北王杀掉？而“真主”天王，又怎能把北王五马分尸？为了挽救信仰危机，洪秀全对东王杨秀清作了一系列“追封”，封东王为“传天父上主皇上帝真神真圣旨”，并作诗“深情”呼唤:七月念七东升节，天国代代莫相忘，顺便也把北王追封，好像什么事都没发生一样。
由于杨秀清的两个儿子均被杀掉，洪秀全把自己的第五个儿子洪天佑过继给东王当嗣子，封为“幼东王”。日后好多人不明就里，以为洪天王对东王有多好，还替他留一支血脉，其实，这个“幼东王”，根本就是洪天王自己的儿子。
1861年，“天京”上游的关键门户安庆将要失陷时，洪秀全连睡梦中都想得东王之力，写诗道:“东王秦兵交妹夫，杀妖天鬼有伊当”是临时抱佛脚，假使杨秀清还活着，洪天王自可以在深宫享乐，根本用不着忧心忡忡亲问军国大事。
“天京事变”，自己人杀自己人，对于“太平天国”来讲，贻害无穷。第一，洪秀全、韦昌辉对东王及共属下的大屠杀，加上后来洪秀对书昌辉及其属下的杀数，除了老幼妇孺不算，也有两万人左右的被杀。这些人，绝大多数是一路从广西走来的，劳苦功高，经考验，是那种三千顶十万的人才。杀了这些人，太平军绝对是自毁长城。
第二，如果“天京事变”没有发生，太平军攻破“江南大营”之势，大可攻下苏锡常富庶地区，还很可能一举击溃正在成长中的潮军当时的湘军被切分在湖北武昌和江西南昌两个地方，岌岌可危。
第三，“天京事变”直接导致了军事重镇武昌的失守。因为当时昌的太平军守将是韦昌辉之弟韦志俊，石达开本人也在距武昌城十里外的洪山督师。洪山大军奉石达开之命回师南京杀韦昌辉， 武昌的敌我均势被打破，迫使太平军不得不放弃武昌。
武昌扼金陵上游，可固荆襄门户，可通两广、四川饷道，如此堅城一失， 造成太平军日后被动挨打的局面。湘军攻入天京后看到天王府和东王府的奢华后大吃一惊，他们的后宫美女如云，却限制其他人找女人，连厕所都是金子打造的，湘军一些有识之士感叹，这样的人怎能成功？最后湘军将财宝抢劫一空，有些年轻的女子也被抢去，成了天京的一场幻梦，因此有学者指出，天平军的失败就是来自于洪秀全本人对内讧的处理手法，可谓成也萧何败也萧何。
